Project
平成23年度研究計画
本年度はまず，長鎖RNAにおいて構造を形成する領域（構造領域）を推定する手法の開発を進める．具体的には，長鎖RNAの二次構造を分子全体で解析できるプログラムGenoPoemicsを用いて，長鎖RNAから構造を形成している可能性が高い領域を推定する．得られた構造領域候補について，本学で開発された高精度の二次構造予測プログラムvsfoldを利用して，その二次構造の安定性について精査し，実際に構造領域であるかどうかの判別を行う．
一方，化学合成法およびRNAリガーゼを利用した酵素連結法を組み合わせることによって，位置特異的に安定同位体で標識した100残基を超えるRNAを調製し，そのNMRスペクトルを測定，解析する．さらにNMRの残余双極子相互作用（RDC）の測定も行い，立体構造の推定を行う．これらの一連の手法を，すでに構造を形成することが知られているリボスイッチやIRESなどの構造領域に適用し，手法の開発を進める．一方，mRNAあるいはウイルスゲノムRNAの構造領域とタンパク質との相互作用や長鎖RNA分子内での相互作用についてもいくつかの例について，解析に着手する．