Members
メンバー紹介
Team 1.長鎖RNAの二次構造あるいは局所的な立体構造を予測あるいは決定する手法の開発
mRNAあるいはlong non-coding RNA (lncRNA) の全長について二次構造予測を行い,構造の形成が推定される領域についてNMRスペクトルを測定することによって,その予測を検証する手法を開発する.長鎖RNAの二次構造予測については,ソフトウエアGenoPoemicsおよびvsfoldを利用する.さらに,立体構造の形成が確認された領域については,その立体構造,相互作用などについても解析を行い,機能の推定を行うことも試みる.解析手法の開発と並行して,実際のmRNAあるいはlncRNAに適用し,その有用性を検証することも行う.対象としては,神経系や免疫系のmRNA,あるいはエピジェネティックな制御に関与していると推定されるXist RNAなどのlncRNAを予定している.
- 河合 剛太 長鎖RNAの構造解析手法の開発,および研究代表者
- 中村 慎吾 GenoPoemicsの利用に関する助言
- 橋本 香保子 免疫系におけるmRNAの構造と機能の解析
- 柴田 裕史 長鎖RNAの相互作用の解析および応用可能性の検討
- 大山 貴子 NMR法によるRNA機能構造ドメインの構造解析手法の開発(平成25年3月31日まで)
- 竹中 章郎 RNAの構造解析あるいは構造と機能に関する助言(平成25年4月1日より,千葉工業大学附属研究所・客員研究員)
Team 2.一本鎖RNAウイルスのゲノムRNAからの新たな機能領域の探索
テーマ2においては,テーマ1で開発する手法をHIVあるいはHCVなどのゲノムRNAに応用し,その局所的構造ドメインについて推定するとともに,その機能あるいは立体構造の解析を試みる.
- 坂本 泰一 ウイルスゲノムRNAの構造領域の解析およびアプタマーの取得
- 高久 洋 HIVゲノムRNAにおける構造領域の機能の推定
- 黒崎 直子 HIVゲノムRNAにおける機能構造領域の応用
- 下遠野 邦忠 HCVゲノムRNAにおける構造領域の機能の推定(平成24年9月30日まで)
- 根本 直樹 HIVゲノムRNAのX線結晶構造解析(平成26年4月1日より,千葉工業大学工学部生命環境科学科・准教授)