研究成果
研究成果
研究成果 平成24年度
本研究計画では、遺伝学的、生化学的、および構造生物学的アプローチを駆使して、マウス由来の新規低分子RNAの解析を進めている。平成24年度における研究実績は次のとおりである。
- 1） 低分子RNA候補の二次構造解析とクラスタリング
マウスの脳に由来するRNAおよびマウスのES細胞に由来するRNAついて次世代シーケンサーによる配列解析を行うことによって得られた配列データを用い、二次構造に基づくクラスタリングを進めている。脳については約1億配列、ES細胞については約6千億配列が得られている。脳に由来するデータについては、解析をほぼ完了し、10を超える新規低分子RNA候補を見出した。
- 2） 低分子RNA候補の立体構造形成スクリーニング
多数の低分子RNA候補について、その立体構造形成を迅速に評価するための、NMR試料管内転写法を開発し、構造既知のRNAについて適用することによって、その有用性を実証した。また、プロジェクトで見出したいくつかの候補RNAについて、実際に適用した。
- 3） 配列解析
マウスES細胞が神経細胞に分化する過程のさまざまな段階の細胞から低分子RNAを抽出し、その配列解析を進めている。
- 4） ノーザン解析
プロジェクトでこれまでに見出した低分子RNA候補について、ノーザン解析を行い、発現の確認を行った。その結果、3つのRNAについて強い発現を確認し、また、4つのRNAについて弱い発現を確認した。
学会発表
- 2012年 日本分子生物学会 福岡
マウス脳から発現する50-100残基RNAのクラスタリングと構造解析
○奥居沙弥，牛田千里，清澤秀孔，河合剛太
Clustering and structural analysis of mouse brain small RNAs with 50-100 nt length
○Saya Okui, Chisato Ushida, Hidenori Kiyosawa, Gota Kawai
- 2012年 NMR討論会 名古屋
マウス由来の新規低分子RNAの構造的特徴の解析
○奥居沙弥，牛田千里，清澤秀孔，河合剛太
Structural analysis of novel small RNA from mouse
○Saya Okui, Chisato Ushida, Hidenori Kiyosawa, Gota Kawai
- 2012年 日本RNA学会 仙台
RNA構造スクリーニングのためのNMR試験管内転写法の開発
○奥居沙弥，牛田千里，清澤秀孔，河合剛太
Development of the 'in NMR tube transcription' method for the rapid screening of RNA conformation
○Saya Okui, Chisato Ushida, Hidenori Kiyosawa and Gota Kawai