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メンバー紹介

清澤秀孔のプロフィール

研究代表者　清澤秀孔

主に哺乳動物の内在性アンチセンス/非コードRNAを対象として研究をしてきた。理化学研究所・ゲノム科学総合研究センター時代、マウス完全長cDNA配列の解析中にcDNAリソース中に互いに相補的な配列を有するcDNAが数多く存在することに気づき、内在性のアンチセンスRNA解析を開始した（2000年頃）。

当時実験的に存在が知られていた哺乳動物（マウス、ラット、ヒト）の内在性アンチセンスRNAは20個ほどであった。また、ゲノム配列も公開以前であったためcDNA配列のゲノム上での位置関係を決めることが難しかったが、ゲノム配列公開直後、準備したデータで解析を行ったところ2500対ものsense-antisense transcripts (SATs) を同定した。約半数のSAT対には非コードRNA（ncRNA）と予想されるRNAが含まれていた。

その後、マイクロアレイなどによる発現の確認を含めた解析を行い、

1）ncRNAを含めて、ほとんどのSATが実際の組織で発現しており、
2）センス鎖とアンチセンス鎖の発現バランスには組織特異性があり、
3）SAT遺伝子座からはポリA鎖を欠くRNAが多く転写され、
4）核内に留まっているRNAが非常に多く、
5）低分子RNAが高頻度で検出される、

などの特徴を見いだした。

現在は、

1）今回の科研費の題材となっている50-100ntサイズの新規低分子RNA解析、
2）組織特異的ゲノム刷り込みとアンチセンス転写の解析、
3）疾患特異的な新規内在性アンチセンス/非コードRNAの解析、

を主に行っている。

トランスクリプトーム解析/アンチセンスRNA関連の原著論文

  • The FANTOM Consortium and The RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team: Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full length cDNAs. Nature 420, 563-573, 2002. [The FANTOM Consortiumのメンバーとして].
  • Kiyosawa H and Abe K: Speculations on the role of natural antisense transcripts in mammalian X chromosome evolution. Cytogenet. Genome Res. 99, 151-156. 2002.
  • Kiyosawa H, Yamanaka I, Osato N, Kondo S, RIKEN GER Group and GSL Members, and Hayashizaki Y: Antisense transcripts with FANTOM2 clone set and their implications for gene regulation. Genome Res. 13, 1324-1334. 2003.
  • Kiyosawa H, Kawashima T, Silva D, Petrovsky N, Hasegawa Y, Sakai K, and Hayashizaki Y: Systematic genome-wide approach to positional candidate cloning for identification of novel human disease genes. Intern. Med. J. 34, 79-90. 2004.
  • Kiyosawa H, Mise N, Iwase S, Hayashizaki Y, and Abe K: Disclosing hidden transcripts: mouse natural sense-antisense transcripts tend to be poly(A) negative and nuclear localized. Genome Res. 15, 463-474. 2005.
  • Numata K, Okada Y, Saito R, Kiyosawa H, Kanai A, and Tomita M: Comparative analysis of cis-encoded antisense RNAs in eukaryotes. Gene 392, 134-141. 2007.
  • Okada Y, Tashiro C, Numata K, Watanabe K, Nakaoka H, Yamamoto N, Okubo K, Ikeda R, Saito R, Kanai A, Abe K, Tomita M, and Kiyosawa H: Comparative expression analysis uncovers novel features of endogenous antisense transcription. Hum. Mol. Genet. 17, 1631-1640. 2008.
  • Chiba M, Kubo M, Miura T, Satou T, Resaeian A, Kiyosawa H, Ohkohchi N, and Yasue H: Localization of sense and antisense transcripts of Prdx2 gene in mouse tissues. Cytogenet. Genome Res. 121, 222-231. 2008.
  • Numata K, Osada Y, Okada Y, Saito R, Hiraiwa N, Nakaoka H, Yamamoto N, Watanabe K, Okubo K, Kohama C, Kanai A, Abe K, and Kiyosawa H: Identification of novel endogenous antisense transcripts by DNA microarray analysis targeting complementary strand of annotated genes. BMC Genomics 10, 392. 2009.
  • Chiba M, Kiyosawa H, Hiraiwa N, Ohkohchi N, and Yasue H: Existence of Pink1 antisense RNAs in mouse and their localization. Cytogenet. Genome Res., 126, 259-270. 2009.
  • Watanabe Y, Numata K, Murata S, Osada Y, Saito R, Nakaoka H, Yamamoto N, Watanabe K, Kato H, Abe K, and Kiyosawa H: Genome-wide analysis of expression modes and DNA methylation status at sense-antisense transcript loci in mouse. Genomics 96, 333-341, 2010.
  • Numata K, Kohama C, Abe K, and Kiyosawa H: Highly parallel SNP genotyping reveals high-resolution landscape of mono-allelic Ube3a expression associated with locus-wide antisense transcription. Nucleic Acids Res. 39, 2649-2657, 2011.
  • Saito R, Kohno K, Okada Y, Osada Y, Numata K, Kohama C, Watanabe K, Nakaoka H, Yamamoto N, Kanai A, Yasue H, Murata S, Abe K, Tomita M, Ohkohchi N, and Kiyosawa H: Comprehensive expressional analyses of antisense transcripts in colon cancer tissues using artificial antisense probes. BMC Medical Genomics 4, 42, 2011.
  • Kohama C, Kato H, Numata K, Hirose M, Ogura A, and Kiyosawa H: An ES cell-differentiation system recapitulates a developmentally regulated neuron-specific parent-of-origin expressivity. Hum. Mol. Genet. 21, 1391-1401. 2012.
  • Takemasa T, Yakushiji N, Kikuchi DM, Deocaris C, Widodo, Machida M, and Kiyosawa H: Fundamental study of detection of muscle hypertrophy-oriented gene doping by myostatin knock down using RNA interference. J. Sports Sci. Med. 11, 294-303. 2012.
  • Takemasa T, Abe Y, Kumagai C, and Kiyosawa H: Possible involvement of microRNA-21 in skeletal muscle hypertrophy. Adv. Exerc. Sports Physiol. 18, 5-15. 2012.
  • Machida M, Takeda K, Fujimaki S, Ikemune S, Ikemune S, Nesori S, Kiyosawa H, and Takemasa T: RNA overshoot accompanies recovery of delayed plantaris muscle growth resulting from juvenile hindlimb suspension. Adv. Exerc. Sports Physiol. 19, 39-46, 2013.

総説・著書

  • 清澤秀孔：疾患遺伝子とポジショナルキャンディデートクローニング、「解読されたゲノム情報をどう活かすか」現代化学増刊40、pp. 63-69、東京化学同人、2001.
  • 清澤秀孔、林崎良英：マウスゲノム解析の現状、化学と生物39、504-512、2001.
  • 清澤秀孔、林崎良英：マウス遺伝子エンサイクロペディア・プロジェクト-新規疾患関連遺伝子の同定に向けて、蛋白質　核酸　酵素46（臨時増刊号）、2365-2370、2001.
  • 清澤秀孔：マッピング-ゲノム解析以前と以降、及び、マウス完全長cDNAの重要性、医学のあゆみ200、302-306、2002.
  • Osato N, Kiyosawa H, Kawai J, and Hayashizaki Y: 6.53.1.11 Genome Science of Vertebrate, UNESCO-EOLSS (Encyclopedia of Life Support System, EOLSS Publisher Co. Ltd., Oxford UK. on-line web encyclopedia at http://www.eolss.net/.
  • 清澤秀孔：マウスゲノムとナチュラル・アンチセンスRNA、「躍進するRNA研究」実験医学（増刊）22、2488-2494、2004.
  • 清澤秀孔：マウスにおける内在性アンチセンス転写産物の解析、「機能性non-coding RNA」、pp. 99-114、（株）クバプロ、2006.
  • 清澤秀孔、土井貴裕：新規機能性RNA分子による遺伝子発現プロファイリング - マイクロRNAとナチュラル・アンチセンスRNA、「医学のあゆみ - 消化器疾患　state of arts, Ver.3」、245-251. 2006.
  • 清澤秀孔：mRNA型非翻訳性RNA、医学のあゆみ220、196-198、2007.
  • 清澤秀孔：マウス・ナチュラルアンチセンスRNA、蛋白質　核酸　酵素52、441-448、2007.
  • Okada Y, Numata K, Saito R, Tomita M, and Kiyosawa H: Novel natures of endogenous antisense transcripts in mammals. Curr. Topics Genet.3, 9-25, 2008.
  • 分担執筆：「教科書：機能性RNAの分子生物学」（編者：河合剛太、清澤秀孔）、（株）クバプロ、2010.（分担執筆者[あいうえお順]：牛田千里、影山裕二、金井昭夫、河合剛太、清澤秀孔、黒崎直子、剣持直哉、坂本 泰一、原田 和雄）
  • 沼田興治、清澤秀孔：次世代テクノロジーがあぶりだす未知のncRNAとその機能、実験医学 29、1709-1715、2011.
  • Numata K and Kiyosawa H: Genome-wide impact of endogenous antisense transcripts in eukaryotes. Front. Biosci. 17, 300-315, 2012.
  • Kohama C and Kiyosawa H: Genome-wide analysis of sense-antisense transcripts, in “Non-coding RNAs and Epigenetic Regulation of Gene Expression: Drivers of Natural Selection” (Morris KV ed.), pp. 3-29, Caister Academic Press, Norwich, U.K., 2012.