同定された低分子RNAの塩基配列に基づき二次構造予測を行い、その結果をクラスタリングすることによって、共通の二次構造を形成するグループがあるかどうかを明らかにし、そのようなグループがある場合には、その代表的な配列をもつRNAの立体構造解析を行う。立体構造解析は主としてNMR法によって行う。二次構造予測の段階で共通性が見られない場合には、実際にいくつかのRNA分子の立体構造解析を行い、それらを比較検討する。得られた構造情報からその機能について検討する。
また、低分子RNAと結合するタンパク質が発見された場合には、NMR法あるいはX線結晶構造解析法によって複合体の立体構造決定を試みる。