書籍
1) 稲森悠平、村上和仁：日本の水環境７−九州・沖縄編−3.4 焼酎と地下水、pp.90ｰ103、日本水環境学会編、技報堂出版株式会社（2000.10.）
2) 湖沼等の富栄養化技術移転マニュアル、194pp.、(社)海外環境協力センター（2002.3.）
3) 稲森悠平、村上和仁：地球環境調査計測事典第2巻陸域編2 第7編陸水 第7章微生物調査 第6節微生物の環境中における分解特性、pp.464-471、フジテクノシステム（2003.3.）
4) edited by Yuhei Inamori, Xiancan Jin, Jun-Dae Park, Kaiqin Xu：Guideline on the Management for Establishment of Eco-Sound Watershed Environment of Lakes and Marshes（国際ガイドライン）分担執筆, 産業用水調査会（2008.11.）
所内報
1) 村上和仁、荻野泰夫：フラスコ実験による汚濁湖沼の浄化に及ぼすＥＭ菌の効果の検討、岡山県環境保健センター年報、19号、pp.33-35 (1995)
2) 村上和仁：微生物農薬の有効性と問題点、岡山県環境保健センター年報、19号、pp.36-44 (1995)
3) 村上和仁、荻野泰夫：汚濁湖沼水浄化に及ぼすＥＭ菌の効果に関する研究、岡山県環境保健センター年報、20号、pp.54-56 (1996)
4) 村上和仁、鷹野 洋、荻野泰夫：備讃瀬戸海域における底質の重金属含有量について、岡山県環境保健センター年報、21号、pp.39-41 (1997)
5) 村上和仁、吉岡敏行、鷹野 洋、荻野泰夫：児島湖における底生動物現存量調査、岡山県環境保健センター年報、22号、pp.26-28 (1998)
6) 村上和仁、吉岡敏行、荻野泰夫：児島湖流域に発生した淡水赤潮について、岡山県環境保健センター年報、22号、pp.29-32 (1998)
7) 吉岡敏行、村上和仁、鷹野 洋、荻野泰夫：児島湾の底泥調査、岡山県環境保健センター年報、22号、pp.33-35 (1998)
8) 瀧 和夫、村上和仁：湖沼直接浄化法におけるハイブリッドシステム技術に関する研究、1999千葉工業大学付属研究所研究報告、Vol.6、pp.74-79 (2000)
9) 村上和仁、瀧 和夫：モデルエコシステムを活用した環境改善効果の評価手法の確立に関する研究、2000千葉工業大学付属研究所研究報告、Vol.7、pp.77-82 (2001)
10) 瀧 和夫、村上和仁、天野佳正、松島 眸：富栄養化湖沼における植物性プランクトンの日周特性、千葉工業大学研究報告（理工編）No.49、pp.71-76（2002）
11) 村上和仁、瀧 和夫：海浜開発が干潟生態系の遷移に及ぼす影響解析に関する生態工学的研究、2001千葉工業大学付属研究所研究報告、Vol.8、pp.52-55 (2002)
12) 瀧 和夫、村上和仁、石井俊夫、松島 眸：湖沼内設置型メソコズムにおける水質変動に及ぼす水生生物の日周特性の影響、千葉工業大学研究報告（理工編）No.50、pp.69-75（2003）
13) 村上和仁、瀧 和夫：生態系エコサイクルに着目した湖沼の分類と生態工学を活用した直接浄化手法の検討、2002千葉工業大学付属研究所研究報告、Vol.9、pp.58-61 (2003)
14) 瀧 和夫、矢内栄二、村上和仁：環境修復技術への自然生態系リズムの導入・評価方法に関する研究、2002千葉工業大学付属研究所研究報告、Vol.9、pp.12-15 (2003)
15) 瀧 和夫、鎌田弘之、村上和仁、松島 眸：富栄養化湖沼におけるエコテクノロジーを活用した環境修復と改善効果の自然生態工学的評価の手法確立に関する研究、千葉工業大学研究報告（理工編）No.51、pp.69-79（2004）
16) 村上和仁、瀧 和夫、松島 眸：海浜公園池における植物プランクトンの種構成と季節的消長、千葉工業大学研究報告（理工編）No.52、pp.25-28（2005）
17) 村上和仁、瀧 和夫：富栄養化湖沼における植物プランクトン優占種の遷移機構の解明に関する研究、千葉工業大学プロジェクト研究年報2005年度、千葉工業大学附属総合研究所、pp.57-60 (2005)
18) 清水紀夫、飯野正昭、五十嵐薫、尾上 薫、河合剛太、小林雅博、柴田充弘、瀧 和夫、矢内栄二、今村易弘、大野正弘、滝口泰之、橋本和明、黒崎直子、小林基樹、坂本泰一、寺本直純、橋本香保子、村上和仁、矢沢勇樹、渡邊宇外：デジタル映像を活用した実験化学教育の充実、千葉工業大学プロジェクト研究年報2005年、千葉工業大学附属総合研究所、pp.129-131 (2005)
19) 村上和仁、石井俊夫、瀧 和夫、松島 眸：生態系構造の異なるメソコズムにおける植物プランクトン（一次生産者）の種構成と遷移、千葉工業大学研究報告（理工編）No.53、pp.37-40（2006）
20) 尾上 薫、生命環境科学科教員：房総フィールドミュージアムを活用した環境教育、千葉工業大学プロジェクト研究年報2006年、千葉工業大学附属総合研究所、pp.136-139 (2006)
21) 村上和仁、石井俊夫、瀧 和夫、松島 眸：富栄養化湖沼における直接浄化―マイクロコズムによる最適底泥処理法の検討―、千葉工業大学研究報告（理工編）No.54、pp.29-33（2007）
22）瀧 和夫、村上和仁、浅野良奈、新井達裕、宇都宮恭介、岡田智博、梶原弥世、上林 年、斎木修平、坂本康明、柴田浩子、鈴木則志、高梨 樹、多田利弘、谷本紫穂、富田真貴子、内藤守人、日塔善人、張替 慧、森 崇寛、八木紀和、山岡良平：都市河川（菊田川）における水質環境調査、千葉工業大学研究報告（理工編）No.54、pp.141-145（2007）
23) 村上和仁、瀧 和夫：富栄養化湖沼における直接浄化−季節変遷を考慮した最適底泥処理法の開発−、千葉工業大学プロジェクト研究年報2007年、千葉工業大学附属総合研究所、pp.41-44 (2007)
24) 尾上 薫、生命環境科学科教員：房総フィールドミュージアムを活用した環境教育、千葉工業大学プロジェクト研究年報2007年、千葉工業大学附属総合研究所、pp.141-144 (2007)
25）村上和仁：微生物生態系の構造変化に及ぼす環境温度上昇の影響、千葉工業大学研究報告（理工編）No.55、pp.39-44（2008）
26）村上和仁：DNA組換え体の生存に及ぼす藻類代謝産物の影響、千葉工業大学研究報告（理工編）No.55、pp.45-49（2008）
27) 村上和仁、矢内栄二、瀧 和夫：富栄養化湖沼における直接浄化―各種底泥処理法の水圏生態系影響評価システムの開発―、千葉工業大学プロジェクト研究年報2008年度、千葉工業大学附属総合研究所、pp.51-51 (2008)
28) 尾上 薫、生命環境科学科教員：房総フィールドミュージアムを活用した環境教育、千葉工業大学プロジェクト研究年報2008年、千葉工業大学附属総合研究所、pp.162-166 (2007)
29）村上和仁、梅野晋介、押田悠樹、熊野洋平、高崎晃子、矢矧和可子：三番瀬（浦安市日の出地先）におけるマクロベントス調査（平成19年度三番瀬自然環境合同調査）、千葉工業大学研究報告（理工編）No.56、pp.37-41 (2009)
30）村上和仁、伊能孝太郎、上杉哲哉、上條佑太、川村達也、中村明彦、野口浩平、松尾尚昭、宮井勝平：花見川における水環境健全性指標（WESI）の試行、千葉工業大学研究報告（理工編）No.56、pp.33-36 (2009)
31) 村上和仁：組換え遺伝子の環境中での挙動解析に関する基礎的研究、千葉工業大学プロジェクト研究年報2009年、千葉工業大学附属総合研究所、pp.76-79 (2009)
32）村上和仁、青木昌也、岡本達季、神代陽平、片山友樹、坂田宗祐、阪本智之、鈴木健太、鈴木秀雄、樋田卓也、平尾 潤、藤井賢一：北千葉導水事業による手賀沼の水質特性変化（1996年〜2007年）、千葉工業大学研究報告（理工編）、No.57、pp.41-49 (2010)
33）村上和仁：手賀沼流入出河川における水環境健全性調査―季節変遷と調査経験の影響―、千葉工業大学研究報告（理工編）、No.57、pp.35-39 (2010)
報告書
1) 非特定汚染源調査報告書（児島湖流域）、平成5〜7年度調査結果報告書 (1996)
2) 汚濁湖沼水浄化に及ぼすＥＭ菌の効果に関する研究、平成6〜7年度調査研究成果報告書 (1996)
4) 瀬戸内海環境管理基本調査（底質重金属解析編）、平成8年度環境庁請負業務結果報告書 (1997)
5) 瀬戸内海環境管理基本調査（総合解析編）、平成8年度環境庁請負業務結果報告書 (1997)
7) アオコ毒素等水質動態調査（岡山県）、平成10年度環境庁委託調査 (1999)
8) アオコ毒素等水質動態調査（総合解析編）、平成10年度環境庁委託調査 (1999)
9) 底泥改善剤（粒状酸化マグネシウム）による富栄養化湖沼の水質改善、宇部マテリアルズ平成11年度研究成果報告書（2000）
10) 手賀沼の底質・水質直接浄化研究、手賀沼にマシジミとガシャモクを復活させる会平成11年度研究成果報告書（2000）
11) 生態工学導入による有毒アオコ発生湖沼の生態系修復技術の開発、平成11年度地球環境技術国際共同研究事業（NEDO）報告書（2000）
12) アンスラサイトの特性解明と有用技術の開発、平成13年度山菱工業株式会社受託研究（2002）
13) 平成19年度三番瀬自然環境合同調査報告書、千葉県環境生活部自然保護課（2008）
14) 平成20年度三番瀬自然環境合同調査報告書、千葉県環境生活部自然保護課（2009）